Hwang trên đường trở về từ một chuyến đi tháng 2 năm 1997 đến Tokyo đã vào xin tị nạn tại Đại sứ quán Nam Hàn ở Bắc Kinh cùng với phụ tá của ông là Kim Duk-hong, chủ tịch của một công ty kinh doanh của Bắc Triều Tiên ở Bắc Kinh.[7][8][9] Bình Nhưỡng ngay lập tức đe dọa trả đũa, trong khi cảnh sát Bắc Kinh phong tỏa đại sứ quán Hàn Quốc.[10] Ba ngày sau đó, một người tị nạn từ Bắc Triều Tiên Ri Han-yong, cháu của người tình Kim Jong-il, Song Hye-rim, đã bị bắn trước nhà riêng ở Bundang, Gyeonggi-do, Hàn Quốc bởi những kẻ tấn công được nghi ngờ là thành viên lực lượng đặc biệt của Bắc Triều Tiên; Thủ tướng Hàn Quốc Lee Soo-sung đã mô tả vụ tấn công là để trả đũa cho vụ đào tẩu của Hwang.[11] Một vài ngày sau đó, Kim Jong-Il đã được trích dẫn trên Đài phát thanh Bình Nhưỡng nói, "Bọn hèn nhát, muốn đi thì đi. Còn chúng tôi sẽ bảo vệ lá cờ đỏ của cách mạng đến cùng", một thông báo được coi là đánh dấu sự chấp nhận đào tẩu của Hwang.[12]

Chính quyền Trung Quốc cuối cùng đã cho phép Hwang đi sang Hàn Quốc qua đường Philippines vài tuần sau đó.[13] Xem xét vai trò nổi bật của Hwang trong chế độ Bắc Triều Tiên, cuộc đào tẩu của ông gây ra một sự khuấy động, báo The Washington Post nói rằng, nó tương tự như là nếu như Joseph Goebbels đã đào thoát khỏi Phát xít Đức.

Kể từ khi Hwang đào tẩu, vợ Hwang đã tự tử và một con gái ông đã chết trong hoàn cảnh bí ẩn khi rơi khỏi một chiếc xe tải; các con khác của ông, một con gái và một con trai, cùng cháu của ông, được cho là đã bị đưa đến các trại lao động.[5] Sau khi ông tới Nam Hàn, ông trở thành một nhà phê bình khe khắt chế độ Bắc Triều Tiên, xuất bản hơn 12 cuốn sách và các xã luận, nhiều cuốn trong số đó buộc tội Kim Jong-il "phản bội Juche và xây dựng chế độ phong kiến thay vì chủ nghĩa xã hội", và sử dụng vị trí của mình như là chủ tịch của Viện nghiên cứu chính sách thống nhất để truyền bá thông điệp của mình. Tuy nhiên, theo các chính sách Ánh Dương của Tổng thống Kim Dae-jung, người nhậm chức vào năm 1998, Hwang thấy mình ngày càng bị xem không còn là quan trọng nữa; trong tháng 11 năm 2000, ông đã bị tước chức giám đốc Viện nghiên cứu chính sách thống nhất, đưa đến việc ông ta phàn nàn rằng chính phủ Hàn Quốc muốn ông giữ im lặng để không làm phật lòng miền Bắc.[13]

Hwang viết bài cho NK Daily, một tờ báo trực tuyến được thành lập bởi những người lưu vong của Bắc Triều Tiên ở Hàn Quốc.[14] Ông đã mô tả cảm xúc của mình xung quanh việc đào thoát trong bài báo.[15]

Vào tháng 4 năm 2010, tình báo quốc gia Nam Hàn thông báo, họ đã bắt giữ hai điệp viên Bắc Triều Tiên đã bị cáo buộc được gửi đi ám sát Hwang.[16] Hai điệp viên này tường thuật, họ đã luyện tập trong bốn năm trời để chuẩn bị cho sứ mệnh của mình. Họ giả dạng làm người tị nạn từ miền Bắc, nhưng bị lộ khi bị tra vấn bởi nhà cầm quyền miền Nam. Họ cho biết họ sẽ được yểm trợ bởi những cảm tình viên của Bắc Triều Tiên ở miền Nam, nhưng từ chối cho biết tên khi bị tra hỏi. Hwang nhận xét ​​về vụ mưu sát, "Cái chết chỉ là cái chết. Không có sự khác biệt giữa việc chết vì tuổi già hay bị giết bởi Kim Jong-il." [17] Trong tháng 6 năm 2010, Hàn Quốc kết án 2 kẻ âm mưu ám sát đến 10 năm tù.[18]